Persian Abstract

زمینه و هدف: ویروس پاپیلوم انسانی(HPV)نقش مهمی در برخی از بدخیمی­های انسانی ایفاء کرده و منجر به تغییر سطوح بیان نرمال ریز آر ان ای های سلولی می شود. در این مقاله اثرات چنین تغییراتی بر روی نمونه های تومور سرطانی سنگفرشی سر و گردن در سطح پروفیل ژنی بررسی شد. روش­ ها: در این مطالعه توصیفی- تحلیلی پروفیل بیان ژنی 36 نمونه تومور در دو گروه با و بدون ویروس مقایسه شدند. ژن­ های با بیان متفاوت در دو گروه از لحاظ توانایی تفکیک نمونه ها و نیز همپوشانی با دسته بندی­ های هسته ­شناسی ژنی سنجیده شدند. به علاوه، اثر اهداف سلولی تایید شده 11 ریز آر ان ای های سلولی گزارش شده بر روی پروفیل بیان ژنی نمونه های تومور با استفاده از آنالیز خوشه‌ بندی سلسله ‌مراتبی و آنالیز غنی ­سازی مجموعه ژنی بررسی گردید. نتایج: بر خلاف آزمون­ های غیر نظارتی، ژن ­های استخراج شده با بیان متفاوت، مشتمل بر 47 و 7 ژن واحد به ترتیب با بیان افزایش یا کاهش یافته، به خوبی دو گروه تومور را در آنالیز خوشه‌بندی سلسله‌مراتبی تفکیک کرده (0/0001=P). این ژن­ ها و عمدتا در تنظیم چرخه سلولی نقش داشتد (0/05q-value≤). اهداف ریز آر ان ای­ های سلولی با بیان افزایش ­یافته در گروه توموری با ویروس غنی ­تر یافت شدند (0/05q-value≤). در بین ریز آر ان ای ­های سلولی بررسی شده، hsa-miR-155-5p و hsa-miR-221-3p به صورت معنی ­داری پروفیل بیان ژنی نمونه های تومور را تغییر دادند (0/05q-value≤). نتیجه گیری: ویروس پاپیلوم انسانی با تغییر سطوح بیان ریز آر ان ای­های سلولی می­ تواند بر روی پروفیل بیان ژنی سرطان سلول­ های سنگفرشی سر و گردن اثر گذارد. تایید نتایج این مطالعه با استفاده از روش های آزمایشگاهی پیشنهاد می ­شود.

Title

Evaluating the Effects of Deregulated miRNAs by Human Papilloma Virus on Gene Expression Profiles of Squamous Cell Carcinomas of the Head and Neck

Abstract

Background and aim: Human Papilloma Virus plays an important role in some of human malignancies and causes alterations in normal expression levels of cellular microRNAs. In this paper, we evaluated the effects of such changes on Head and Neck Squamous Cell Carcinoma tumor samples at gene expression profile level. Methods: in this descriptive-analytical study, gene expression profiles of 36 tumor samples were compared in two groups: with or without virus. Differentially expressed genes among the two groups were judged in terms of their ability in segregating the tumor samples and also their overlap with Gene Ontology Biological Function categories. Furthermore, using hierarchical clustering analysis and Gene Set Enrichment Analysis methods, the effect of confirmed cellular targets of 11 reported cellular microRNAs on the gene expression profiles of our samples was assessed. Results: Unlike unsupervised methods, differentially expressed genes, including 47 and 7 unique induced and suppressed genes, respectively, discriminated perfectly the two sample sets in a hierarchical clustering analysis (P=0.0001). These genes were primarily engaged in regulation of cell cycle (FDR adjusted P≤0.05). Targets of induced cellular microRNAs were found enriched in virus-positive set (FDR adjusted P≤0.05). Among analyzed cellular miRNAs, hsa-miR-155-5p and hsa-miR-221-3p change the gene expression profile of tumor samples significantly (FDR adjusted P≤0.05). Conclusion: deregulating expression levels of cellular microRNAs, HPV is capable of affecting the gene expression profiles of Head and Neck Squamous cell Carcinoma tumors. It is suggested to confirm the results of this study using experimental methods.